日々の発見

勤務医の研究生活など そのうち自分の役に立てば

初心者が独力でMacでNGSに挑戦する記録1

新しく買ったMacBook Proで、やったことのないNGSをやってみようと思い立った話。
条件: Mac自体が初めて。unix操作もまともに出来ない。


Day1
R commanderは以前にインストール済。
anaconda3をインストールするがパスが通っていない。
パスを通すという作業を行ったが不具合が出ている。
Macでのファイル管理のやり方が、Windowsとは勝手が違って難しい。


Day2
https://timapplebolg.com/2019path-anaconda/
上記サイトを参考にさせていただいた。
pathを通す作業を行ったら、
コマンド画面で、(base)という表示が出はじめた。


https://code-graffiti.com/base-is-displayed-at-the-top-of-the-terminal-on-mac/
(base)を消す方法について書いてあった。


以上で解決した。
と思ったら、再起動したらまた元通りできなくなった。


source ~/.bash_profile
をもう一度ターミナル画面で実行すると、またできるようになる。とりあえず、今のところ、毎回このコマンドを実行しなければならない。


次の壁は、pipでインストールができないという問題。
https://qiita.com/Liam1230/items/89ccb7b9fb5d45b70fed
上記参考にさせていただいた。
マニュアル本ではpip install ** だが、
pip3 install **
とすると普通にできた。
アップデートも忘れずにしておかなければ。


けれど、pipとpip3って何か違うのか?
このままやっていれば、きっと不具合を起こすだろう。